Általában különböző mikroszkópokban használják, hogy az emberek könnyebben megfigyelhetik a különböző fluorescens jelenségeket. A szűrők általában használt mikroszkópok közé tartozik a fluorescáns mikroszkóp, a lézer, a szkennelő kofókuszos fluorescáns mikroszkóp (LSCM), a kofókuszos mikroszkóp és a teljes belső reflexiós fluorescáns mikroszkóp (TIRFM). Főleg az élettudományok és a biomedicina területén használják, fő szerepe az anyagok elválasztása és kiválasztása a biomedicinai fluorescencia vizsgálati elemző rendszerekben, amelyek a fényt stimulálják és a fluorescenciát kibocsátják.